あらすじ（このページは章が進む毎に更新します）
『テレポーター』
中条聖夜は、魔法とは無縁の一般家庭で生まれた。しかし、ある日原因不明の病で倒れた彼は、その身体に膨大な魔力を宿していることが判明し、両親に捨てられてしまう。そこに現れた１人の女性はこう言った。「私の弟子になりなさい」と。それが、彼の人生の転機。自らを救ってくれた女性を師として仰ぎ、魔法使いとして生きる道を選んだ中条聖夜。呪文詠唱ができないというハンデを抱えながらも、魔法使いとして生きる道を選んだ彼は……？
《第１章 中条聖夜の帰国編 全１８話》
魔法が使えるからという理由で捨てられた中条聖夜。師匠・リナリーの元で修業を積んでいたある日、とある仕事の依頼が名指しで舞い込んできた。それは、日本有数の名家・姫百合家のお嬢様を護衛して欲しいという内容。久しぶりの帰国を果たした彼に待ち構えていたのは、私立・青藍魔法学園に編入するという、予想外の事態だった。
《第２章 魔法選抜試験編〈上〉 全１８話》
魔法選抜試験。青藍魔法学園独自の採点基準に則って行われるそれは、自らの魔法使いのランクを示す為の重要な試験だ。しかし、重要なのはその試験だけではない。魔法選抜試験の４週間前から３週間前までに渡って行われる『グループ登録期間』。通称『勧誘期間』とも呼ばれるそれは、ある意味で試験よりも過酷な生存競争を促す一大イベントだった。生徒会が実力介入してくる場合もあるという、“賑やか”な１週間が幕を開ける……！！
《第２章 魔法選抜試験編〈下〉 全２０話》
晴れて生徒会入り（但し見習い雑用）を果たした中条聖夜。２週間を切った選抜試験を前に、舞や可憐とグループ試験に向けた猛特訓を……というわけにもいかず。選抜試験やその後に控える魔法文化祭の準備に追われる生徒会。そんな中、生徒会長・御堂縁から与えられた突然の試練。謎の幽霊騒ぎも加わり、青藍魔法学園は波乱の選抜試験を迎える！！
《第３章 魔法文化祭編〈上〉 全１９話》
今、日本の抱える“闇”が動き出す。青藍と並びし紅赤と黄黄。そこに属する狂犬が、青藍の最もセキュリティの甘い時期に放たれた。魔法が関わる行事の中で、もっとも平和であるはずの文化祭。しかし、水面下では確実に破滅の一途を辿る。目に見えない。それでも確かにそこにある、最悪な三つ巴の攻防戦。その幕が上がる。
《第３章 魔法文化祭編〈下〉 全１８話》
平穏の裏に騒乱を。慈愛の裏に狂気を。紅赤魔法学園所属“賭博者”一獲千金に、黄黄魔法学園所属“侵食者”合縁奇縁。それを迎え撃つは、青藍魔法学園生徒会及び『番号持ち』のメンバーたち。赤青黄の三つ巴の攻防戦は、平和な文化祭の裏で熾烈を極めていく。しかし、ただ１人。この戦いに懐疑的な少女がいた。その少女が下した決断は、物語を意外な方向へと……！？
《第４章 スペードからの挑戦状編〈上〉 全２１話》
魔法世界エルトクリア。広大なるアメリカの領地の一角にあるそれは、エルトクリア王が統治する魔法使いの国だ。そこでは毎月一度、『七属性の守護者』の名を冠する魔法大会が開かれる。優勝者に与えられるのは、賞金と名声、そして王家直属の護衛集団、『トランプ』への挑戦権。世界最高戦力が一、ウィリアム・スペードの牙が中条聖夜へと迫る！！
《第４章 スペードからの挑戦状編〈中〉 全２１話》
世界最強の魔法使い、リナリー・エヴァンス率いる『黄金色の旋律』。そのメンバーが一、Ｔ・メイカーの猛攻にエルトクリア大闘技場が沸く！！ 魔法世界にて開かれた『七属性の守護者杯』。七種類の中で最も危険度の高いとされる『アギルメスタ杯』のボルテージは、予選段階から最高潮に！！ 一方、大闘技場の外では何やら不穏な空気が……？ 王家直属の護衛集団『トランプ』が出撃する事態に、リナリーは！？
《第４章 スペードからの挑戦状編〈下〉 全１９話》
興奮冷めやらぬ中で開始されたアギルメスタ杯本戦の第二試合ブルーグループ！！ 選手４人のうち、なんと３人が日本の五大名家と称される人物の関係者。内輪揉めのように展開される試合に、唯一の部外者であるメイ・ドゥース＝キーは……？ そして、アギルメスタ杯もいよいよクライマックスへ！！ 決勝へと進んだＴ・メイカーの対戦相手は！？ そこにリナリーの思惑も加わり、アギルメスタ杯は誰も予想しなかった結末を迎える！！
《第５章 生徒会選挙編 全１８話》
今年も世代交代の時期が来た。青藍魔法学園生徒会の新生徒会長に立候補するは、現生徒会長・御堂縁の妹である紫、ただ１人。信任投票、それも信任されない可能性は限りなく低いイベント。それでも全力で演説に向けた対策を練る紫をしり目に、青藍魔法学園の日々は謎の転校生エマ・ホワイトを迎えつつも穏やかに過ぎていく……。そんな会長選挙を前日に控えた夜、御堂縁は言う。「さて、何から話そうか」と。彼の口から告げられる過去は、事実か虚構か。果たして――――。
《第６章 純白の円卓と痛みの塔編 全１４話》
【Ａ】権議会。それは日本魔法協議会の常任理事五家『五光』と非常任理事七家『七属星』、計十二の名家が集う特別な会合を指す。円卓に集うは国内有数の権力者たち。これは、選ばれし血族によって紡がれる物語。【Ｂ】魔法開発特別実験塔。通称、『痛みの塔』。そこで行われているのは、魔法開発という名を借りた人体実験。囚われていた黒髪の少年は、手を貸すという白い少女を連れ、手を血で汚しながら階下を目指す。
《第７章 異能力者たちの饗宴編 全１３話》
中条聖夜の下に届いた送り主不明のメール。そこには要点のみ簡潔にこう書かれていた。鼠の狙いは実験棟の最上階、と。『ユグドラシル』実働部隊の面々を率いるは難攻不落。適切に処理すべく動き出したのは、日本が誇る五大名家『五光』、それに追従する七大名家の『七属星』、そして秘密裏に入国を果たしていたアメリカ合衆国の魔法実働部隊『断罪者』二番隊隊長ジェームズ・ミラーと三番隊隊長アリサ・フェミルナー。魔法開発特別実験棟を舞台に、最高戦力が集結する！！
《第８章 エンブレム争奪戦編 全１７話》
冬休みが終わり、青藍魔法学園は再び選抜試験に突入する。生徒会役員は免除となるこの試験だが、副会長であり“青藍の１番手”でもある中条聖夜が他人事のまま終えることなどできるはずもなく……。自分を中心として巻き起こる馬鹿騒ぎに頭を抱えていた聖夜だったが、ある日状況は一変する。学園側が一部の学園生に対して特例試験を提示したのだ。これには大人しかった２年生『クラス＝Ａ』の面々も揺れに揺れて……？ １番を除く全てが欠番となった『番号持ち』の席のうち、中条聖夜の右腕と（※一部で※）称される２番手の座をめぐり、エンブレム争奪戦がついに始まる！！
《第９章 修学旅行編〈上〉 全１９話》
進級を直前に控えたタイミングで訪れた修学旅行の日。行き先は、アメリカの領地の一角にある魔法世界。次期当主候補が青藍の守護から離れる状況を危惧した花園家と姫百合家は、中条聖夜へ護衛の依頼をもちかける。しかし、難色を示す聖夜に明かされた本当の依頼内容とは、それぞれが用意する護衛の補佐だった。花園家第一護衛の鷹津祥吾と、姫百合家戦闘メイド筆頭の大橋理緒がそれぞれ率いる護衛部隊。そして、この時期に敢えて門を開いた魔法世界の動向。きな臭さを感じながらも日本を発った聖夜を待ち受けているものとは。
《第９章 修学旅行編〈中〉 全１７話》
刮目せよ――。『黄金色の旋律』Ｔ・メイカーｖｓ『トランプ』アルティア・エース。前回、アギルメスタ杯のスペシャル・マッチとして組まれておきながらも中止となったこの幻の一戦が、予期せずして実現する事となった。月光の下、エルトクリア大闘技場から貴族都市ゴシャスへと戦いの舞台を変えて。魔法世界最高戦力が一角、エースの持つ恐るべき幻血属性がＴ・メイカーへと牙をむく！ ――中条聖夜は、無事に修学旅行２日目を迎えられるのか。
《第９章 修学旅行編〈下〉 全２２話》
魔法世界エルトクリアに、新たなギルドランクＳのグループが誕生する。名を『赤銅色の誓約』。一見、青藍魔法学園の修学旅行には無関係のように思えたビッグニュースであったが、中条聖夜のもとへ同じくギルドランクＳ『白銀色の戦乙女』のリーダー、シルベスター・レイリーが訪れたことで事態は一変する。修学旅行２日目の夜は、まだまだ終わらない。中央都市リスティルを舞台として、ギルドに属する魔法使い達が今、激突する――。
《第10章 真・修学旅行編〈上〉 全１９話》
エルトクリア大図書館、その最奥にて。『脚本家』の神法は確かに発現した。中条聖夜は間違いなく修学旅行初日へ戻ってきた。あの悲劇が魔法世界エルトクリアを襲う前の空港へと。『脚本家』の出した指令はただ１つ、「修学旅行最終日まで、リナリー・エヴァンスを生かすこと」。聖夜はリナリーを死の呪縛から解き放つことは出来るのか。誰が敵で誰が味方か。１つの判断ミスが絶望へと直結する修学旅行編、リスタート。――死の香りは至る所に。
《第10章 真・修学旅行編〈下〉 全１９話》
世界最強の魔法使い、リナリー・エヴァンスはいかにして殺害されたのか。来たるべき『黄金色の旋律』と『ユグドラシル』の会談に備え、『脚本家』の神法によって得た前回ルートの記憶を頼りに立ち回る中条聖夜。そんな彼の下へ届く、一通のメールとは。舞台は再び様々な思惑が錯綜する修学旅行２日目へ。――血塗られた真実を見届けよ。
《第11章 女帝降臨編 全１６話》
果たして『ユグドラシル』の脅威は本当に消えたのか……。組織の長であるアマチカミアキの討伐に成功し、魔法世界エルトクリアは一応の平穏を取り戻した。その平穏に不気味さを覚えながらも青藍魔法学園に戻って来た中条聖夜たちであったが、次の波乱は既に目前まで迫っていた。最高学年である御堂縁たち３年生の卒業式を間近に控えたこのタイミングで、新顔が２年クラス＝Ａへとやってきたのだ。名前は神楽宝樹。日本魔法協議会の議長の座に就いた神楽真徹を祖父に持ち、自らも『始まりの魔法使い』の末裔という彼女の目的とは……？ 青藍魔法学園へ更なる混乱をもたらす第１１章。
《第12章 ユグドラシル編〈上〉》
歓迎都市フェルリアが死んだ。使用されたのは人類が到達し得る最高難度のRankＭ、通称『属性奥義』と呼ばれる魔法だった。発現者は世界最悪の犯罪組織『ユグドラシル』の傍若無人。しかし、それだけでは終わらなかった。地獄からの禍々しい宣戦布告。それがあの夜の真実を知る一部の統率者たちの感想だろう。犯罪組織『ユグドラシル』の長、天地神明はこう言った。「エルトクリア現女王とリナリー・エヴァンス、どちらかの首を日没までに捧げよ。さもなくば魔法世界へ総攻撃を仕掛ける」と。――緊迫の『ユグドラシル』編、開幕。
《第12章 ユグドラシル編〈中〉》
アマチカミアキの遺言から彼の真実を知った中条聖夜。『ユグドラシル』の凶行を止めるべく、舞台は魔法世界エルトクリアへ。属性奥義によって死都と化す歓迎都市フェルリアの未来は変わるのか。『ユグドラシル』から放たれる宣戦布告はどうなるのか。聖夜は選択1つで未来が変わる岐路へと立たされる。『黄金色の旋律』『白銀色の戦乙女』『赤銅色の誓約』そして『番外』が再び集結。――『ユグドラシル』との全面戦争が始まる。